Pada mulanya awal Tahun 1975 Desa Mekar Sari merupakan bagian wilayah Desa Gunung Mekar Kecamatan Jabung yang masih hutan rimba dimana Kepala Desa pada saat itu adalah Abdullah Dawud. Dikarenakan banyaknya pendatang Kades Abdullah Dawud menugaskan kepada Supardi untuk membuka lahan di wilayah ini yang dibantu oleh Sastro, Paino, Pono dan yang lainnya. Setelah dilakukan penyitaran oleh Sastro dan rombongan ditemukan titik tengah wilayah pada saat itu yang selanjutnya mereka menentukan Calon Lokasi Lapangan, Sekolah, Pasar dan Bangunan Desa Serta pembagian wilayah pembukaan lahan dari beberapa rombongan pendatang diantaranya Sebelah Timur rombongan Abdul Sampan dari Bantul Metro, Sebelah Utara rombongan Misiran Pandi dari beberapa wilayah, sebelah Barat rombongan Sukadi dari Bandar Mas, sebelah selatan rombongan Maliki dari Kupang dan jawa tengah sedangkan ditengah ada Rombongan Darsono dari Kediri Jawa Timur. Setelah dilakukan aktifitas pembukaan lahan sesuai wilayah yang sudah ditentukan tersebut pada bulan Mei 1975 diadakan Syukuran atau Slametan sebagai Rasa Syukur atas Keberhasilan rombongan dalam pembukaan Lahan, dalam acara tersebut juga dilaksanakan musyawarah pemberian nama untuk Wilayah ini, hasil musyawarah bahwa rombongan sepakat diberi nama Mekar Sari.

Semakin lama semakin banyaknya pendatang yang membuka lahan terutama dari Jawa Tengah dan Jawa Timur serta wilayah lainnya, sehingga pada tahun 1977 Kades Abdulah Dawud menugaskan kepada Ahmad Sanusi untuk memimpin wilayah ini yang diberi nama Dusun Gunung Mekar II dengan cakupan wilayah Mekar Sari, Pulosari Sampai Bayur Sari, Umbul Banyu Wangi Sampai Semarang Baru, Bon Tangkil sampai Pulobayur.

Berjalannya waktu pada Tahun 1982 Dusun Gunung Mekar II memisahkan diri dari Desa Gunung Mekar untuk menjadi Desa Persiapan Pasir Sakti yang mana PJ dijabat oleh Bapak Djono Suprihatin, namun pada waktu itu Mekar Sari masih menjadi Dusun dengan induk Desa adalah Pasir Sakti yang dipimpin oleh Bapak Suwandi sebagai Kepala Dusun Mekar Sari. Mulai berjalannya waktu sedikit demi sedikit Kepala Dusun Mekar Sari Bapak Suwandi mengatur susunan Pamong serta Hak Garapan Tanah.

Pada Tahun 1992 Dusun Mekar Sari dengan disponsori oleh Bapak Ayu/Ketut Wandre berusaha untuk memisahkan diri dari Desa Pasir Sakti untuk menjadi Desa Persiapan tetapi usaha tersebut gagal dikarenakan syarat untuk menjadi Desa belum terpenuhi sesuai dengan peraturan. Namun berjalannya waktu pada tahun 1993 diprakarsai oleh Bapak Darsono Dusun Mekar Sari mengajukan kembali permohonan untuk memisahkan diri dari Desa Pasir Sakti, akhirnya pada tahun ini pengajuan disetujui, Sehingga pada tahun 1994 Dusun Mekar Sari resmi memisahkan diri dari Desa Pasir Sakti dan menjadi Desa Persiapan Mekar Sari dimana PJ Kades dijabat oleh Bapak Darsono, Sekretaris Desa Bapak Supani, LPM Bapak M. Tohari, LKMD Bapak Hartono, Poldes Bapak Suwandi, PPN Bapak Ismun Said, Kaum Bapak Maskun.

Berjalannya waktu, tahun 1999 Bapak Darsono Meninggal Dunia sehingga Desa Persiapan Mekar Sari Pada saat itu dilanjutkan Oleh PJ. Bapak Supani. Pada Tahun 2000 Desa Mekar Sari resmi mendapatkan SK Definitif Desa, yang selanjutnya tahun 2001 dilaksanakan Pemilihan Kepala Desa Pertama Kali dengan masa jabatan 2001-2007 yang diikuti oleh 3 Calon Kepala Desa diantaranya Bapak M. Tohari, Bapak Tomin Sujadi, dan Bapak Hartono, dimana Kepala Desa Terpilih pada saat itu Bapak M. Tohari sebagai kepala Desa Mekar Sari Pertama.

Setelah habisnya masa jabatan kepala Desa Bapak M. Tohari maka dilakukan Kembali pemilihan kepala Desa yang kedua Kalinya pada tahun 2007 dengan 2 calon Kepala Desa diantaranya Bapak M. Tohari dan Bapak Joriyon, dimana Pemilihan Kepala Desa dimenangkan Kembali oleh Bapak M. Tohari dengan Masa Jabatan 2007-2013.

Tahun 2013, setelah masa jabatan kepala Desa Habis dilakukan Pemilihan Kepala Desa Kembali yang diikuti oleh 4 Calon Kepala Desa diantaranya Bapak Supardi, Bapak Gunawan, Bapak Imam Mukhtar dan Bapak Sarno, Pemilihan Kepala Desa Kali ini dimenangkan Oleh Bapak Supardi Dengan Masa Jabatan 2013-2019.

Selesainya masa jabatan Bapak Supardi pada tahun 2019 dilaksanakan Kembali pemilihan Kepala Desa yang diikuti oleh 3 Calon Kepala Desa diataranya Bapak Supardi, Bapak Husin dan Bapak Nur Rohmat, dimana Kepala Desa Terpilih pada pemilihan Kepala Desa tahun 2019 ini adalah Bapak Supardi yang Menjabat Sebagai Kepala Desa Mekar Sari sampai sekarang.